Интернет-магазины в Яндекс Директе рекламируются на основе фида.
Фид – это файл с информацией о товарах и услугах.

Рекламные кампании:

1) ТМК (Товарный мастер кампаний)
2) Товарная галерея (ЕПК по фиду на товарную галерею)
3) Динамические объявления (ЕПК по фиду на поиск)
4) Смарт-баннеры (ЕПК по фиду на сети)
5) Офферный ретаргетинг (ЕПК по фиду на сети и включенной галочкой офферный ретаргетинг)

Можно допом сделать стандартные Поиск, РСЯ на самые популярные категории на сайте.

В большинстве моих проектах лучше всего себя показывает ТМК и Динамика, но это всё индивидуально и надо тестить.